おっしゃられる呼び水とは、ポンプについているカップの中の水でしょうか・・・
3週間と言う長きの間には、カップ下から漏れている 蒸発してしまう 動物が飲んでいる のほか、給水管の水ヘリに実際に呼び水として使用されている のいずれか であると考えますが、いずれでもない状態ならば、逆止弁から地下へ漏れが発生しているのかもしれません(3週間ということなので微細な漏れ)
3週間というのをどのように計られたかわかりませんが、より大きな呼び水を用意するなどで十分対応できそうな気がします
どこに、どのように用意されている呼び水か 写真等で見せてください