ペンやブラシなど透明で書くと消しゴムのようにも使えますがそれはベタ塗りの質感だけです。例えば水彩系ブラシでは透明で塗っても塗り残しが出るので完全に消すには何度もブラシを擦る必要があり一発で消せるゴムのように使えないことがあります。
それと日常的に書いた物は消しゴムを使う習慣が染みついているからそれが無いと不便と思う。例えばAffinityDesigner2には消しゴムがツールのどこにも無く最初は困りました。このソフトではベクター線は消す概念では無く切るらしくナイフツールで操作をしないと部分的に消えません。
透明ブラシを消しゴムの代用で使う人は少数派と思う。