昨日店舗の支払いでPayPayを使用したんですが、PayPayアプリの取引履歴を見ると支払い失敗となっていました。エラー原因が「1ヶ月の支払い上限を超えています」だったので、急いで上限額変更しました。日付が変われば残高から自動で引き落とされると思っていたのですがまだ支払い失敗から変更になっていません。残高にもお金がありますし、最悪ちゃんと支払われるならクレジットでもいいと思ってカード登録もしたんですが、これは再度店舗に行って支払いしないとダメなんでしようか？

普通に考えると、店で支払いができていないとエラーになって、その場で店員さんに支払えませんと言われるでしょう。
言われなかったと言うことは、店では支払い処理はできたということ。
店からはPayPayから立替金として、質問者さんが使った分は支払われることになります。

ですが設定上限額を超えていても、店では使えるなんて何のための上限額設定なんでしょう？
不正利用防止とか使いすぎ防止のための機能だと思っていました。それじゃ上限額設定の意味がないです。

レシートがあるのなら、念のために店に行って、店での支払いはちゃんとできているか聞いた方がいいと思います。

仮に店での支払いはちゃんとできていたのなら、いずれはPayPay残高から引き落とされるでしょう。