iCloudとiphoneの写真アプリを「同期」している場合は、撮影した写真は全てiCloudに保存されます。
写真アプリで画像を全て削除するとiCloudからも削除されます。
削除する前に、PCにコピーしておけば、iCloudから消えてもPCには残ります。
ちなみに同期モードを「ストレージを最適化する」に設定している場合、iphone上には写真の実体はありません。(小さなサムネイル画像だけはある)
iCloudバックアップはまた別の機能で、同期と両方使う人は滅多にいません(二重保存は無駄なので)。