WCR-1166DHPL/N は ギガビット対応（全ポート 1000BASE-T） なので、
機器仕様として 90Mbps に制限されることは本来ありません。
今回の構成を見る限り、配線方法が原因の可能性が高いです。
重要なポイント
WCR-1166DHPL/N を APモードで使用する場合、
基本的には WAN（Internet）ポートではなく LAN ポート同士で接続します。
RT-100 ──(LAN)── WCR-1166DHPL/N (LAN) ── ハブ ── PC
APモードでは WAN ポートも内部的に LAN 扱いになる機種もありますが、
機種やファームウェアによっては処理経路が変わり、速度低下や不安定の原因になることがあります。
トラブル回避のためにも LAN–LAN 接続が無難です。
次に確認すべき点
間に入っている ハブが 100Mbps（Fast Ethernet）ではないか
LANケーブルが CAT5（古い）ではなく CAT5e 以上か
WCR-1166DHPL/N の ファームウェアが最新か
なお、PC 側で「1000/1000」と表示されていても、
途中の機器やポートで 100Mbps に落ちていると、
実効速度は 90Mbps 前後に頭打ちになります。
まとめ
APモード時は LANポート接続が基本
ハブ・LANケーブルの規格要確認
それでも改善しなければ ファームウェアや機器劣化の可能性
この構成であれば、本来 600Mbps 前後は出るはずなので、
配線と接続ポートの見直しから試すのが一番確実です。
