新宿からの箱根フリーパスを買った方がお得です。
箱根フリーパスの現地用は小田原駅から先で使えて、
2日間が6,000円、3日間6,400円です。
いっぽう箱根フリーパスの小田急乗車券付き(新宿〜小田原往復の場合)は、
2日間が7,100円、3日間が7,500円
つまり現地用に+1,100円した金額となります。
(ロマンスカーに乗る場合、別途特急券も買ってください)
ここで、新宿から小田原の通常の運賃(あなたが乗車料金と表現されたもの)は、ICカード利用で往復1,802円です。
新宿発着の箱根フリーパスを買えばこの分がいらなくなるので、これだけで700円ほどお得になる計算です。