コンポジットソフトAe単独での使用でしょうか。
動画編集ソフトのPrでAeコンポをつなぐのでしょうか。
Aeでの秒単位編集の使い方が見えないですね。
設定は使用目的に応じますが、とりあえずAe単独の話として。
AVIは昔のコンテナ形式です。AVIは使わない。
目的が背景透過のアルファチャンネル付きで出力したい場合、多くは
・素材としてはアルファ付きPNGシーケンス画像の連番をよく使います。フォルダを作っておいてその中に。
・普通に背景透過の動画で書き出しする場合は
よく使うのがQTコンテナのアルファ付き各種。
一般的には「アニメーション」やProRes4444、アルファ付きCineForm等です。
