どうするかの最終判断は任せますけど、SSDを後から増設するときの問題は手間ですよ。
SATAの意見もあってどうするかは任せますが、M.2を増設する場合は、マザーボード次第だけどグラボもはずさないといけなくなる可能性があります。
取り付け部分がグラボの下に隠れたり作業しにくかったり。
M.2はグラボ付けたままだと厳しいかな、SATAなら簡単。
自作じゃない場合は自分で増設して保証がどうなるかですね、どこで買うか次第だと思うけど。
ケース開けていじったら保証が消える店もあるんじゃないかな。
あとは増設作業で何かやらかして動かなくなるとかの可能性も、増設作業に慣れてないとミスもあり得るし。