通帳の反対側に「定期預金」があるなら、「自分の定期預金を担保にして、銀行から自動的にお金を借りられる仕組み」で残高以上(質問者さんの例だと4万円)の引き出しができた、ということかもしれませんし、銀行のキャッシュカードにカードローン機能がセットで付いているパターンかもしれません。
記帳はされましたか?
Ⓐ総合通帳で定期預金がある場合
お引出し ー40,000円
Ⓑカードローン等の場合
⑴振替(ローン) +40,000円 (←まず銀行が勝手に貸して入金してくれた)
⑵お引出し ー70,000円 (←元々の3万+借りた4万を引き出した)
⑶残高 0円
ⒶⒷのいずれか(またはそれに近い形)になっていると思うので、確認してみてください。