飛行機 LCCについて往復で取った時に行きでキャンセルなった場合、帰り保証されるのですか？帰りは帰りで別物扱い？

LCCは往復と言う概念がないです。

行きと帰りで予約番号が違うことがほとんどなので、行きが航空会社都合でも帰りは関係ありません。予約番号が違うとFSCでも同じです。予約番号が同じなら補償されるでしょう