犬の自由給餌は消化機能に無関係ですか？

消化機能に無関係ではありません。

​だらだら食べ続けると、消化管が掃除を行う空腹の時間がなくなるため、胃腸に負担がかかり、消化機能の低下を招く恐れがあります。