PayPayポイント運用の「運用する」で自動追加されたポイントは「支払いに使う」に設定変更してもポイント運用に入ったままなので、ポイント運用から「引き出し」をする必要があります。
1、PayPayポイント運用「運用状況」
2、下にスクロールして運用中のコースを選択
3、「ポイントを引き出す(交換)」
4、使いたい金額を入力して「引き出す(交換)」
ポイント運用について
http://paypay.ne.jp/help/c0167/
ちなみに
「運用する」に変更した時点で、引き出したばかりのポイントでも全額追加(さらに手数料1%を取られる)されてしまいます。
よって会計を終えるまでは「支払いに使う」にしておかないとダメです。