幕府の役目としての独立した大名の高松藩が最初にあり、その後に、分家になったのと、御三家の血の保管としてだけの他の御連枝とでは、待遇が違う。
御三家は家康の末の息子達三人には、「長幼の序」によって家格の序列が決められた。秀忠の忠長優遇で壊れかけた長幼の序を、家光が、次世代にも受け継がれることを、つまり、御三家の家格と序列は世代にわたって維持されることを示必要があった。その為には、次世代年長の頼重を水戸から切り離す必要があった。（水戸藩内の長幼の序は壊れたが、後に修正される）
御三家は大きすぎて使えないが、水戸から切り離され独立した大名の頼重は、将軍の近親者として使える手駒となった。
豊臣滅亡後の全国の大名の再配置を構築するうえで、西日本の最後の楔が、高松藩。将軍の重要な近親者としての頼重を西日本の拠点・高松に置くことで、西国が安定した、安全な地になったことを示すとともに、西国大名の抑止となることを期待された。
将軍の弟・保品正之が、東北の体制が整ったことを示すために、会津に置かれたのと同じ。
水戸藩内の長幼の序は、頼重と光圀が、嫡子交換したことから、それ以降には修正され、高松藩は幕府での役割を与えられたままに、水戸の分家・連枝扱いになった。
