サブリナ3のby youに関するご質問ですね。分かる範囲でお答えします。
①by youでもEPモデルになります。日本向けのナイキバスケットボールシューズは基本的にEP(エンジニアードパフォーマンス)仕様となっており、by youのカスタマイズモデルも同様です。
②EPモデルは主にアウトソールのラバーが強化されており、耐久性が向上しています。履き心地については個人差がありますが、大きな違いを感じない方が多いようです。クッション性やフィット感などの基本性能は同じです。
③by youのサイズ表記はメンズサイズです。店舗で試着されたウィメンズ29.5cm(メンズ29cm相当)が合っていたのであれば、by youでは29cmを選ぶのが良いでしょう。ただし、実際に履いてみないと完璧なフィット感は分からないため、可能であれば同モデルの通常版で再度サイズ確認されることをお勧めします。