薬学部卒業後、アメリカの名門大学大学院で生化学のPhDを取得して、そこで基礎医学研究者になった者です。ただ、患者と直接関わる臨床医になりたくなり、アメリカのメディカル•スクールに進学、卒業して、研修を終え、現在は、メディカル•スクール附属総合病院で研修医を教える外科系専門医として働いています。
質問者様の大学院選択に関して、私の考えは次のとおりです。
・自分の興味に近い研究テーマを扱っている研究室を優先すべきか
はい、もちろんです。興味が有れば、研究のモチベも自然と高まります。
・研究費や設備など、研究環境の充実度を重視すべきか
はい。
・論文実績などから見た研究室・大学の研究力、大学全体のブランドや世界大学ランキングを重視すべきか
はい、重要だと思います。
・国内（例：東京大学、京都大学など）に進学するか、海外大学院を視野に入れるべきか
多くのノーベル賞受賞者を排出する世界的な研究レベル、研究者層の厚さ、潤沢な研究費などを考慮すれば、圧倒的にアメリカの大学院をオススメします。
日本とアメリカでは、スポーツ界に例えれば、国体とオリンピックほどの違いです。大谷翔平が、日本ではなく、アメリカのメジャーリーグを目指したのも頷けます。
・医学部出身者が基礎研究を志す場合、MDのまま研究を続けるのと、PhDを取得するのとではキャリアにどのような違いがあるか
PhDを持っていなければ、研究者としての基礎訓練ができていないため、良い研究者にはなれないと思います。
・大学院は医学系研究科に進むべきか、それとも理学系・生命科学系の研究科を選ぶべきか
どちらでも構いません。
・研究室選びにおいて、大学のネームバリューと指導教員（PI）のどちらをより重視すべきか
アメリカ上位の大学院であれば、大学と指導教員共にハイレベルでしょうから拘る必要はないです。
・将来的に海外で研究を行うことを見据えた場合、「国内大学院→海外ポスドク」と「海外大学院進学」のどちらが一般的か、またそれぞれのメリット・デメリット
日本人なら前者が一般的でしょうけれど、皆と一緒なことをしていては、優れた研究者にはなれないでしょう。ですから、アメリカの大学院進学を強くお勧めします。そのメリットは、世界中から優秀な大学院生が集まっているため、いろいろな考え方に接することができ楽しいですし、お互いに刺激し合い、高め合えるからです。私が居たのは、複数のノーベル賞受賞者を排出する名門大学でしたが、頻繁に他の大学からもノーベル賞受賞者が講演に来ていました。そういう研究者は雲の上の存在ではなく、簡単にディスカッションの応じてくれる同僚のような存在なのです。それがアメリカの大学院に進学するもう一つのメリットです。
