飛び石に関しては寧角なひび割れは無く、視界の邪魔になる箇所でなければこの程度の大きさは車検に通るはずです。
というか自分もリペアするのを忘れていてこの程度の飛び石傷があったけど何事もなく車検通りました。
50円玉の外周サイズがあると落ちる可能性はありますが。
明確なひび割れがあるとアウトです。
ガラスリペアキットで直せば目立たなくなるので安心を得るのであればリペアキットを使うのが良いでしょう。
マフラーに関してはNAロードスターは平成10年度騒音規制以前なので近接排気騒音の上限が103dBですね。
インナーバッフルは固定方法の規制前なのでねじ止めでも問題ありません。