新幹線は、運賃と特急料金から成っています。
遠距離になるほど割安になっていますから、新神戸~京都だけを買うのと、遠距離同士(京都~博多、新神戸~博多)の差額を払うのとでは、当然金額が異なります。
あと、差額精算の場合、自由席同士の差額と指定席同士の差額は、あまりありません。
①新神戸→京都・・・運賃1,110円、特急料金1,180円、合計2,290円
②京都→博多・・・大晦日ののぞみの指定席の場合、運賃10,010円、特急料金6,970円、合計16,980円
新神戸→博多・・・大晦日ののぞみの指定席の場合、運賃9,460円、特急料金6,430円、合計15,890円
差額は1,090円
先述の通り、同じ新神戸~京都でも、短い区間を買うのと、長距離同士で差額精算するのとでは、そもそも距離単価が違うため、こんなに差が出ます。