文面は全く問題ありません。むしろ丁寧で適切な表現です。
理由は以下の通りです。
・年賀状は一年の感謝を伝える場であり、出産祝いへのお礼を改めて述べるのは自然です
・何度も会っていることと、お祝いへの感謝を文章で伝えることは別の話です
・「温かいお祝いを本当にありがとうございました」という表現は、金品だけでなく、義母様が何度も足を運んでくださったことや気にかけてくださったこと全体への感謝とも受け取れます
・義理のご両親への年賀状で、このような丁寧な感謝の言葉を添えることは好印象を与えます
もし義母様が何度も会いに来てくださったことにも触れたい場合は、「昨年は○○の誕生に際し温かいお祝いと度々のご訪問を本当にありがとうございました」のように加えることもできますが、元の文面で十分丁寧で心のこもった内容です。
気になさる必要はありません。