就活で、卒業見込証明書が必要なのですが、大学内のどこにありますか？それとも学生課とかに申請しないといけませんか？

それは大学によって違うので何とも言えませんので、

一番確実なのはヤフー知恵袋ではなく学生課に聞いてみることです。

私の通っていた大学では証明書発行機（駅の券売機みたいな見た目）があって、そこに学籍番号を打ち込んで発行したい証明書を選択すれば出てきました。