原因不明不妊（機能性不妊）は、全不妊カップルの25〜30%を占めると言われており、決して珍しくありません。
男性のメディカルチェックは終わってて運動率なども問題ないとの事ですよね？
原因不明のまま腹腔鏡後に自然妊娠・体外受精で妊娠に至る方は実際に多くいます。特に卵巣嚢腫の摘出後は、卵巣の環境が改善されることで卵の質が上がるケースも報告されています。
主治医に確認してみると良いこと
手術で卵管の通過性（卵管通気・通水）は確認してもらえたか？
手術後、自然妊娠を試みる期間をどのくらい設けるか？
次の体外受精に向けて、採卵の方針（卵の質・数）の見直しはあるか？
