e5489ですが、新幹線と特急は一度に予約はできないものなのでしょうか、、よろしくお願いします。

最初の画面は「リストから選択」になっていますが、「駅名を入力」タブを選んで新幹線と特急を含めた片道行程全体の出発駅と到着駅を入力すれば、列車乗継の場合もまとめて購入できます。

乗換駅が希望通りでない場合は、「乗り換え指定」の方法を変えることで乗換駅を指定することも可能です。