ふるさと納税について、店側からワンストップ特例申請書を送っていただいた場合、提出なしの、ワンストップオンラインに変更してもいいのでしょうか？

変更しても問題無いですよ。

ワンストップ特例申請書は基本的に必ず郵送されてくる物なので、必要なければ捨ててしまっても問題ないものです。

申請方法は寄付側が決める事なので、オンラインが対応しているならオンラインで良いです。