「Apple payの登録先がクレジットカードAとします」
「アプリでそのクレジットカードAとApple pay を2つ登録した場合」
ここで言う「Apple Pay」とは何でしょう?
Apple Payはウォレットにクレジットカードを登録して使うものです。
ネット購入でApple Payを使いたいなら、支払い方法として「Apple Pay」を選択して、ウォレットに登録してあるカードを選択したし、サイドボタンをダブルクリックするだけです。
もし、Apple PayをApple accountの残高と勘違いしているなら、それは一般のサイトでは使えません。Apple関連で使えるだけです。