JRで働いている男にセクハラをされたのですがチクる場合、JRの窓口がいいでしょうか？

JR各社は外部通報口を設けています。コンプライアンス違反はHPから通報できますのでそこからでいいでしょう。

ただ、個人間のトラブルは会社は何もできません。特に業務中での出来事や、触法行為でなければ会社は動きません、というか動けません。

質問者がストーカー行為や恐喝などを受けているのであれば会社ではなく警察へ相談してください。触法行為が求められれば警察を通りして企業が連帯し対応してくれます。