あなたが購入した新幹線eチケットは、あなた自身が管理するものです。ICカードを紐付けしたからと言って、本人のICカード内に新幹線eチケットが記録されるわけではありません。
全て、サーバー内で管理されます。
①えきねっとにて新幹線eチケットを購入
⇨サーバー内に、あなたのアカウントできっぷが記録される
②新幹線eチケットにICカードを紐付け
⇨サーバー内の記録されたきっぷにICカード番号が付与される
③当日新幹線自動改札機にICカードをタッチ
⇨ICカード番号でサーバー照会
④サーバー照会の結果
⇨該当するきっぷあり→改札を通れる
⇨該当するきっぷ無し→改札を通れない
この様な仕組みですので、紐付けたICカード番号が間違っていなければ通れます。あなた自身が管理と言うのは、そう言う意味です。
