今度城崎温泉に行こうと思うんですがこの値段で合ってるんですか？指定席の値段が反映されてないんですか？電車に詳しい方教えてください

あってますよ。
不安な点はどちらですか？

はしだてとこうのとりを福知山で乗り継ぐ場合は、1つの列車とみなして1枚の「京都→城崎温泉」のきっぷで発券するという特例があります。