Apple Payについて疑問があるのですが、Suicaのカードを持っておらず、モバイルSuicaも利用していない場合でもApple Payの交通系ICカードのところからSuicaを登録して利用することは出来るのでしょうか

登録ではなく、新規に発行が可能です。
カードからの移行は、あくまでカードタイプ利用者の便宜を図っただけで、基本は新規に発行ですよ。

なおiphoneのモバイルSuicaとは、「ApplePayのSuicaが発行され、Suicaアプリケーションがインストールされた状態」をいいます。

SuicaアプリケーションはApplePayのSuicaの上に載るものですから、単独では動作しません。
(Android端末と大きく異なる点)