ポケモンZAで、マクロコンを使用して出現させ、捕まえたポケモンを交換に出すのはマナー違反だと思いますか？

別に思いません。

相手がそのポケモンをマクロコンを使って捕まえたのかどうなのかなんて分かりっこないのに、そんなことにいちいちこだわるのはただのバカだと思います