『黎の軌跡2』のストーリー配分については、プレイヤーの間でも意見が分かれていました。
スウィンとナーディアについては：
・二人の過去編や関係性の掘り下げに多くの時間が割かれたことに対し、メインストーリーのテンポが悪くなったという意見は一定数ありました
・一方で、この二人のキャラクター性を評価する声もあり、賛否両論でした
・特にゲネシス問題と合わせて、全体的なストーリー構成への不満は見られました
エレインについては：
・ヴァンとの関係性において、確かに「当て馬」的な扱いを受けていると感じたプレイヤーは多かったようです
・軌跡シリーズでは恋愛要素が複数のキャラクターに分散される傾向があり、特定のキャラクターが報われにくい構造になっています
・エレインに限らず、このような扱いを受けるキャラクターは他作品でも存在します
全体として、『黎の軌跡2』のストーリー配分やキャラクター描写には批判的な意見も多く見られました。
