メルカリで3DS ll を購入しようと考えているのですが、SDカードがないと何か支障がでるのでしょうか？

ＳＤメモリーカードが無ければ遊べないソフトもありますし

必要になってから入れても不具合が生じることもあるので、

本体と同時にＳＤメモリーカードも購入して使用されるべき

だと思います。