まぁ、CPU クーラーの取り付けを間違えている可能性が高いですが、単にゲームの fps(Frame Per Second) が下がっていると言う症状だけでは判断がしづらいです。
CPU グリスを塗り直した理由は CPU 温度の上昇だと思いますが、何で見ておられるのでしょうか? 一般的には下記のようなモニターソフトと使っていると思います。
シンプルなハードウェアモニタ!「HWMonitor」
https://www.gigafree.net/system/monitor/hwmonitor.html
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これで CPU 温度、CPU 使用率、CPU クーラーファンの回転数などを調べてみて下さい。CPU 温度が高過ぎたら冷却系に何らかの不具合があります。CPU クーラーが浮いていたり、取り付けネジが緩かったりして密着性が悪いと冷えません。
その他、電源管理で 「省電力」、「バランス」、「高パフォーマンス」 の設定はどうでしょう。「省電力」 になっていると、パフォーマンスが全然出ませんね。
CPU グリスの塗り方には、米粒大のグリスを中央に置いたり、ヒートスプレッダに 「X」 時を書いたりする方法がありますが、私は下記を推奨します。できる限り薄く塗布するのがコツですね。なじませるのにヒートシンク側にも塗って拭き取ることは知らなかったです。
http://kamon.way-nifty.com/fiby/2014/10/cpu-c11a.html
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最近よく使う CPU グリスは下記です。このほか MX-4 等も使っていますね。
http://Amazon.co.jp/dp/B07W4J87CT ← ¥1,058 【プロ推奨 高性能】 親和産業 シミオシ OC Master SMZ-01R (13.2W/m・K) 【 正規品】