寝起きって口の中が雑菌だらけですが、この状態で飲み物を飲むと、口内の雑菌が全部体内に入るというのは本当なんでしょうか？ またそれによる悪影響などは？

その通りですが、胃の中に入った雑菌は胃酸で死にますから、大丈夫なんです。

なので、逆流性食道炎を治すために胃酸を弱める胃薬を飲み続けると雑菌が死なずに腸まで届くので弊害が起こりやすくなるのです。