クラミジアや淋病では症状はあまりあてにすべきではなく(個人差も大きい)、検査結果がほぼ全てです。再検査を受けて陰性になっていれば、少しくらい症状の改善が遅れるようでも菌は居なくなっていますので大丈夫です。明らかに悪化しているのでなければ2週間後の再診で大丈夫ですので先生の判断にお任せください。
(実は2週間の再検査もやや早めなくらいで3週間後位の方が多いかとは思うのですが、医師の方針に任せて大丈夫です。陰性になればOK、稀には1回目で確認できない場合もあり得ますが、指示通りすれば必ず治ります。行為は控えてきちんと検査を受けて下さい。)