今まで、すごく嫌いな上司やあまり嫌いではない上司がいました。これって、相性の問題でしょうか？

相性(生理的な問題)もあると思います。

私の経験では、仕事に対する考え方や判断力などの相違から好き嫌いが生まれました。また、人間性や知識も問われる職種だったので、その点も関係しました。