友達経由で「今は友達としてしか見てない」と言われてる時点で、告白しても断られる可能性が高いです。でも、伝えたいなら、伝えるべきだと思います。後悔するより、玉砕した方がスッキリします。
ただ、「付き合ってください」は重すぎます。距離も遠いし、会うのも3回目で、相手は恋愛対象として見てない。そこで告白したら、今後会うことすら難しくなるかもしれません。
伝えるなら、「実は昔から好きで、また会えて嬉しかった。もし気が向いたら、また会ってほしい」くらいの軽いトーンがいいと思います。プレッシャーをかけず、相手に選択肢を残す形です。
それで相手が距離を置くなら、それまでの縁だったということ。もし「また会おう」と言ってくれるなら、そこから少しずつ関係を深めていけばいい。焦らず、でも正直に気持ちを伝えてみてください。