価値観は色々ですが、私ならば「ああそうかい」で終わってしまいますね、
じゃあどうするか?ですが(説明の都合上数字を打ちます。)
①お忙しいところすみません。
↓
お詫びなのですから、もう少し丁重に、例えば、
「いつも陰になり日なたになり、私を導いてくださり大変ありがとうございます。」
②私の言動でご迷惑をおかけしてしまい申し訳ありませんでした。
↓
ここが最も重要な部分です!「どのような経過で迷惑になったのか?」もっと具体的に書かなければいけません。例えば
「この度は、私の配慮を欠いた言動から先生に迷惑を掛けてしまい、誠に申し訳ございませんでした。今後はこのような行動を起こさない様十分注意いたします。」
③今までありがとうございました、
↓
まあ、わかりますが、なんか物足りないです。私なら例えば
「在学中は、勉学に生活面にも、そして今後の進路にも、ご指導ご鞭撻をいただきまして、今でも心から感謝しております。」
④お仕事頑張ってください。
↓
お詫びの文章という前提があるので、もっと心を込めたいです。例えば
「今、世の中で大きな動きがありますから、先生もご苦労が絶えないこととお察ししますが、お体にも留意の上、ご活躍をお祈りしております。(乱文乱筆お許しください)」
大雑把ですが、私ならばこんな感じに書き上げますが。
ご参考までに。