珍しいケースでもないと思います。
私の友人も勤務先の件で同棲が難しく、相手側の転勤(転職も視野に入れて)を待って別居婚している人が2、3人います。
一方又は双方が全国転勤有りの職についているパターンではよく聞く話かなと思います。
私はちょっと変なパターンで、大学院在学中に一足早く社会人になった研究室の先輩と結婚して(就職する前に改姓したほうが楽という理由)、卒業するまでの期間別居感でした(彼が遠方に赴任したため)。
別に喧嘩別れしているわけではないので、お付き合いの延長みたいな感じで、寂しいとは思いますが不幸せなんてことは一切ないと思います。
貯金されるためという理由もちゃんとされていますし、ポジティブな別居婚は2人の成長に繋がると思います!
ただ、年齢的にも子どもが欲しいとかなら同棲はされたほうがいいと思いますが、そうでもない限り2年くらい別居間でも何も問題ないと思います。