回答を試みます。英語の助動詞には、元々の形がその形、という助動詞があります。見分け方はそれほど難しくありません。must(should/would/could/might) have+過去分詞の場合、が基本です。これらの助動詞は、must (should / would / could / might)自体に、過去の意味がないので、must doかmust have doneで区別しますし、時制の一致を受けません。I thinkであろうとI thoughtであろうと、影響を受けません。例。
I think he must be busy.「彼は忙しいに違いないと思う」
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I thought he must be busy.「彼は忙しいに違いないと思った」
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I think he must have been busy that day.「その日、彼は忙しかったにちがいないと思う」
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I thought he must have been busy that day.「その日、彼は忙しかったに違いないと思った」
それから、couldが過去の意味を指す場合は、次のような場合となります。
・I could swim fast when I was young.➡中学で習うcould。
「若い時、私は速く泳げた」➡canの過去形で「過去」を表すcould。
高校で習うcould have done(このcouldには過去の意味がない)のcouldとは、用法が異なります。
以上、参考になれば幸いです。