aupayプリペイドカードによるウェブマネー決済が終了と知らせが来ましたが普通にau PAY（通信料合算やチャージ）を使う分には関係無い話ですか？

全く関係ないです。
物理カード裏側のプリペイド番号、もしくはバーチャルカード内のプリペイド番号という項目の文字列をを使って決済をする方法が使えなくなるだけです。