質問失礼します二次創作の同人誌を作ろうと思っています。ボケてパロ、曲パロ(主にボカロ)は起訴案件なのでしょうか？それとも黙認されていたりなど詳しく答えてくださると助かりますが。また、イラスト集を同人誌として上げる場合何ページくらいが一般的なのでしょうか？

大元（版権元）の二次創作に対する規約によります。
ある程度の範囲なら許可されているものや、禁止事項がかなり厳しめだったり某鼠王国のように完全アウトなものまで様々です。

ご自分で規約を調べて理解し納得出来ない限りはそのジャンルには触れないのがベストです。

＞イラスト集を同人誌として上げる場合何ページくらいが一般的なのでしょうか？
人によります。4頁のコピー本でも合計100頁超えでも。
自由に作るのが同人誌!!!