奥さんが子の看護休暇と有給休暇が足りない場合欠勤扱いしか手はないのでしょうか？子供が入院したりして休みが多くなったのが原因です。何か方法あれば教えてください

休まなければならない理由によりますが、理由が該当すれば会社が独自に定めている特別休暇（忌引きなど）を使える場合があります。

他に家族等が代わりにできることであればその人にしてもらえば、奥さんは出勤できます。お子さんの体調不良ならご主人が看護休暇を取るとかです。