Apple Pencilの紛失、お困りですね。机の上を片付けた際になくなった可能性が高いとのことですので、以下の場所を確認してみてください。
・書類や本の間に挟まっている
・ペン立てや筆箱の中
・引き出しの中(特に浅い引き出し)
・ソファやベッドの隙間、クッションの下
・バッグやリュックのポケット、ペンホルダー
・洋服のポケット(片付け中に着ていた服)
・ゴミ箱の中や近く(誤って捨てた可能性)
・机の下や家具の隙間に転がっている
・カバンや収納ボックスに他の物と一緒に入れた
・洗濯物と一緒に洗濯機に入っていないか
また、ipadの「探す」アプリでApple Pencil(第2世代)の最後の位置を確認できる場合があります。落ち着いて、片付けた順番を思い出しながら探してみてください。