60歳での退職金受領時の控除額残余は、一応そこで終了します。
これは、国税庁のタックスアンサーno.2732にある通り、
『退職手当等の支給が2回以上ある場合で、最初の支給を受けた日から数えて3年目以後に支給を受けたものについては、それぞれ別個に退職所得控除を計算します。』
となっているため、1,640万円の退職金と、400万円のiDeCoは合算できないことになります。
そして400万円のiDeCoについては、重複していない期間分のみ控除対象になりますので、40万円×5年=200万円が控除されます。
なお、退職金とiDeCoがこの順番で19年離れていると、それぞれ独立の収入として取り扱われます。
所得税は、
(400万円―200万円)×2分の1=100万円が課税対象で税率5%(復興税含まず)で5万円、住民税が約10%として10万円になりそうです。