お迎えしたのは保護犬とかでなく仔犬ちゃんですよね?
まず、トイレの場所がわかってないです。なのでフリーはまだまだ早いです。行動範囲を狭いところに制限してその中のトイレで排泄する度に褒めておやつを繰り返してください。結構付きっきりで見てるのが理想なので完璧に毎回褒めるのは難しいと思いますので、クレートトレーニングとトイレトレーニングを並行してやってしまうのが私は一番楽だと思います。クレートで数時間休ませた後にすぐトイレに連れて行くと必ずするはずなのでそこで褒めておやつ。その後も制限された狭いスペースに人が入ってひと遊びして疲れさせたらまた数時間クレートで休ませてトイレ。
行動範囲は徐々に広げて行きます。広げすぎてトイレを失敗するようになったらまたぐっと制限エリアを狭めます。
また、他の部屋にいると震えるのは怖いからだと思います。それも「怖かったけど何も嫌な事は起きなかった」の体験を積み重ねるのが早いので、他の部屋に抱っこして行っておやつをあげたり繰り返しその部屋にいいイメージをつけてあげてください。
恐怖期に入ってるような気がします。外も抱っこでもいいのでどんどん他のわんちゃんや人、車や物音に触れさせないと怖がりなわんちゃんは今度は吠えるようになると思いますので社会化だけは本気で頑張るとあとは楽です。怖いものは子犬のうちに徹底的になくしていく。社会化は子犬の時期にしか出来ません。生後3ヶ月、4ヶ月くらいまでが1番社会化期に向いてます。怖い感情よりも好奇心が優ってますので。躾はその後でも並行してでもゆっくりやればいいので^ ^
何かの参考になれば幸いです。