不安になりますよね。でも、その点は心配しなくて大丈夫です。
結論から言うと、個人調査書は生徒本人が提出するものではなく、中学校が高校へ直接提出します。
札幌光星高校の専願（専願3）でも流れは同じで、
・あなたがやること
→ 入学願書の提出（Web出願や書類提出など、学校から指示された部分）
・中学校の先生がやってくれること
→ 個人調査書の作成・高校への提出
という役割分担になっています。
個人調査書は成績や出欠状況など、学校が正式に作成する公的書類なので、
生徒が自分で持って行ったり郵送したりすることはありません。
担任の先生や進路指導の先生が、期限に合わせてまとめて提出してくれます。
もし心配であれば、
「願書は提出しましたが、調査書は先生の方で提出していただく形で大丈夫でしょうか」
と担任の先生に一言確認すれば、それで十分です。
今の時点で慌てる必要はありませんし、
あなたが何かミスをしている状況ではありません。
ここまできちんと出願を進めているので大丈夫ですよ。
落ち着いて、先生に任せてください。
