メルカリの支払いで、残高の不足分を後払いで払い、分割まで出来ますか？

できますよ。

商品の購入時に残高とあと払いを併用して購入し、メルカリアプリの「マイページ＞毎月のご利用状況」から該当の支払いを選択して分割払いに変更してください。