夜中に目が覚めると体内が少し気持ち悪くて、眠れなくなるんですけど、何か対処法はありますか？

とりあえず水を飲んでみます。
それでも胃がムカムカしたりするようなら胃薬などを飲むと気持ち的にもスッキリします。
気持ち悪さに対処すると言う行動が安心を呼び再びに戻れるかなと思います。