契約時に①会社ではなくあなたが敷金を払ったのでしょうか。
それとも②あなたが会社に払い、会社が法人名義で管理会社(貸主)に払ったのでしょうか。
もしあなた名義で敷金を貸主に払っているのなら①、今後もあなたが住み続けるなら敷金は返金されません。
あなた個人の敷金として預けておくことになります。
返金されるのは退居する時です。
もし②なら、敷金は会社に返金されます。
別途あなたには敷金を払うように請求がくるはずです。
(結局敷金は預けておくことになります)
会社からあなたへ敷金がいつ返ってくるかは会社に聞いて下さい。
普通退居するときは、契約終了から1ヶ月程度で敷金は返金されますが、会社から個人に返金するのがいつかは会社次第です。