ご質問内容を、「未納税金を残したまま清算手続きを終了し、結了登記をしたらどうなるか」と理解しました。
１）通常は清算人が「残る会社財産から未納税金分を差し引いて残余財産を確定（清算結了）」とし、「未納税金の納付」と「残余財産の分配」をします。
２）一般的には考え難いですが清算人が「未納税金を無視して残余財産の確定（清算結了）」をしたときは、その法人は「税務上はまだ存続している」ものとして「その法人（第一次納税義務者）の納税義務」は消滅しません。
それにも関わらず清算人が「残余財産の分配」をしたときは、その「清算人、及び、分配を受けたもの」が「第二次納税義務者」として「その分配した、又は、分配を受けた残余財産の範囲内」で「第二次納税義務」を負うこととされます
なお 以上は「一般的な株式会社の解散」の場合の一例ですが、その他の場合をも含めて詳細については「（国税）国税徴収法第三章／第二次納税義務」及び「（地方税）地方税法第一章第四節／第二次納税義務」の定めるところによります。
