要らないということは使っていないのでしょう?
複数のMicrosoft アカウントに同一の連絡用メールアドレスや連絡用電話番号を登録している場合であっても、Microsoft アカウントをいくつかを削除したからと言って他のMicrosoft アカウントには影響はしないでしょう。以下のような状態でない限り。
Microsoft アカウントAのプライマリメールアドレスをMicrosoft Bの連絡用メールアドレスに登録している。Microsoft Bの連絡用にはそれ以外登録していない。Microsoft アカウントAのプライマリメールアドレスは、Microsoftから提供されたもの(@outlook.jpや@outlook.com @hotmail.comなど)である。Microsoft アカウントAを削除(PCからという意味では無く、Microsoftに削除依頼して猶予期間も過ぎて完全削除された)。
Microsoft Bのセキュリティコードを受け取る手段がなくなります。
まあ、こんなことは普通はしないと思います。